1.研发费用加计扣除政策最初仅限于国有、集体工业企业(1996年-2002年)
我国实施企业研发费用加计扣除政策起始于1996年。当年，财政部、国家税务总局为了贯彻落实《中共中央 国务院关于加速科学技术进步的决定》，积极推进经济增长方式的转变，提高企业经济效益，联合下发了《财政部 国家税务总局关于促进企业技术进步有关财务税收问题的通知》(财工字〔1996〕41号)，首次就研发费用税前加计扣除问题进行了明确：国有、集体工业企业研究开发新产品、新技术、新工艺所发生的各项费用，增长幅度在10%以上的，经主管税务机关审核批准，可再按实际发生额的50%抵扣应税所得额。随后，《国家税务总局关于促进企业技术进步有关税收问题的补充通知》(国税发〔1996〕152号)对相关政策执行口径进行了细化。
2.研发费用加计扣除政策享受主体逐步扩大(2003年-2007年)
2003年，为进一步促进社会主义市场经济的健康发展，鼓励各类企业增加科技投入，提高经济效益，促进企业公平竞争，财政部、国家税务总局联合印发了《关于扩大企业技术开发费加计扣除政策适用范围的通知》(财税〔2003〕244号)，将享受研发费用加计扣除的主体从 “国有、集体工业企业” 扩大到“所有财务核算制度健全，实行查账征收企业所得税的各种所有制的工业企业”。2006年，《财政部 国家税务总局关于企业技术创新有关企业所得税优惠政策的通知》(财税〔2006〕88号)进一步对享受研发费用加计扣除主体进行扩围，在工业企业基础上，扩大到“财务核算制度健全、实行查账征税的内外资企业、科研机构、大专院校等”。
随着《中华人民共和国行政许可法》的颁布，以及为贯彻落实国务院关于行政审批制度改革工作的各项要求，主管税务机关审核批准制度被取消。2004年，国家税务总局印发了《关于做好已取消和下放管理的企业所得税审批项目后续管理工作的通知》(国税发〔2004〕82号)，明确研发费用加计扣除政策，改由纳税人自主申报扣除。
3.研发费用加计扣除政策逐步系统化和体系化(2008年-2012年)
2008年《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例的实施，将研发费用加计扣除优惠政策以法律形式予以确认。为便于纳税人享受政策，国家税务总局同年发布《企业研究开发费用税前扣除管理办法(试行)》(国税发〔2008〕116号)，对研发费用加计扣除政策做出了系统而详细的规定。《国家税务总局关于企业所得税若干税务事项衔接问题的通知》(国税函〔2009〕98号)，明确新旧税法衔接问题：“企业技术开发费加计扣除部分已形成企业年度亏损，可以用以后年度所得弥补，但结转年限最长不得超过5年”。
4.研发费用加计扣除范围渐次扩大且核算申报不断简化(2013年至今)
2013年初，国家决定在中关村、东湖、张江三个国家自主创新示范区和合芜蚌自主创新综合试验区开展扩大研究开发费用加计扣除范围政策试点。当年9月，在总结中关村国家自主创新示范区试点经验基础上，财政部、国家税务总局发布《关于研究开发费用税前加计扣除有关政策问题的通知》(财税〔2013〕70 号)，将试点政策推广到全国。
为进一步鼓励企业加大研发投入，有效促进企业研发创新活动，2015 年 11 月，经国务院批准，财政部、国家税务总局和科技部联合下发 《关于完善研究开发费用税前加计扣除政策的通知》(财税〔2015〕119号)，放宽了享受优惠的企业研发活动及研发费用的范围，大幅减少了研发费用加计扣除口径与高新技术企业认定研发费用归集口径的差异，并首次明确了负面清单制度。《国家税务总局关于企业研究开发费用税前加计扣除政策有关问题的公告》(国家税务总局2015年第97号，以下简称“97号公告”)，简化了研发费用在税务处理中的归集、核算及备案管理，进一步降低了企业享受优惠的门槛。
2017年5月，为进一步鼓励科技型中小企业加大研发费用投入，根据国务院常务会议决定，财政部、国家税务总局、科技部联合印发了《关于提高科技型中小企业研究开发费用税前加计扣除比例的通知》(财税〔2017〕34号)，将科技型中小企业享受研发费用加计扣除比例由50%提高到75%。国家税务总局同时下发了《关于提高科技型中小企业研究开发费用税前加计扣除比例有关问题的公告》(国家税务总局公告2017年第18号)，进一步明确政策执行口径，保证优惠政策的贯彻实施。三部门还印发了《科技型中小企业评价办法》，明确了科技型中小企业评价标准和程序。
2017年11月，为进一步做好研发费用加计扣除优惠政策的贯彻落实工作，切实解决政策落实过程中存在的问题，国家税务总局下发了《国家税务总局关于研发费用税前加计扣除归集范围有关问题的公告》(国家税务总局公告2017年第40号，以下简称“40号公告”)，聚焦研发费用归集范围，完善和明确了部分研发费用掌握口径。
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