分支机构是否具有主体生产经营职能，是判定其是否就地预缴企业所得税的重要依据。
有人认为，如果总机构具有签订合同、开具发票、发送货物以及销售货物的所有权，增值税就由总机构缴纳。而分支机构由于其不开具发票，则不发生生产经营行为，也就不必就地预缴企业所得税;还有人认为，根据登记证照上的经营范围以及在当地缴纳的个人所得税和社会保险的情况，分支机构在当地从事对外销售等活动，就可认定分支机构应分摊缴纳企业所得税。
关于这个问题，《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法〉的公告》(国家税务总局2012年第57号公告)第五条第(一)项规定，不具有主体生产经营职能，且在当地不缴纳增值税的产品售后服务、内部研发、仓储等汇总纳税企业内部辅助性的二级分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。
根据上述规定，分支机构不就地预缴企业所得税，应同时满足“不具有主体生产经营职能，且在当地不缴纳增值税”两个条件。对生产经营职能的判定，应为是否具有生产或销售行为，不包括单纯的产品售后服务、内部研发、仓储等企业内部辅助性的二级分支机构。因此，分支机构在当地只要有生产和对外销售等生产经营职能，应当就地缴纳企业所得税。
还有人提出，如果分支机构在当地仅拥有资产并缴纳个人所得税，虽有生产或对外销售活动，营业收入为零时，未在当地实际缴纳增值税，如果在当地预缴企业所得税，将出现分支机构无增值税仅有所得税的情况，因此不应在当地预缴企业所得税，对此应该如何理解?
根据国家税务总局2012年第57号公告的规定，符合“不具有主体生产经营职能，且在当地不缴纳增值税”两个条件的，可以不在当地预缴企业所得税，但不代表有生产经营职能，仅因没有营业收入、增值税零申报就不需要预缴企业所得税，这里的不缴纳增值税并非不实际缴纳增值税，而应当理解为没有增值税应税行为。公告规定，总机构应按照上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素计算各分支机构分摊所得税款的比例，而在计算分摊比例时，因为涉及营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素，有可能某个分支机构在某个预缴期内出现营业收入为零的情形，但是分支机构不能因为营业收入一个因素为零而免除预缴义务。
如何理解这里的营业收入?其中是否包含分支机构间或分支机构与总公司间的销售收入?国家税务总局2012年第57号公告第十七条规定，分支机构的营业收入，指分支机构销售商品、提供劳务、让渡资产使用权等日常经营活动实现的全部收入。其中，生产经营企业分支机构营业收入指生产经营企业分支机构销售商品、提供劳务、让渡资产使用权等取得的全部收入。另外，该公告第四款规定，本办法所称上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额，指分支机构上年度全年的营业收入、职工薪酬数据和上年度12月31日的资产总额数据，是依照国家统一会计制度的规定核算的数据。
因此，有分支机构参与计算的营业收入，是依照国家统一会计制度规定核算的数据，包含分支机构间的销售收入。
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