(一)丢失已开具专用发票
从2014年5月1日起，购买方一般纳税人丢失已开具的增值税专用发票，分别按照以下办法处理:
一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方可凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》或《丢失货物运输业增值税专用发票已报税证明单》(以下统称《证明单》)，作为增值税进项税额的抵扣凭证;如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件进行认证，认证相符的可凭专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证。专用发票记账联复印件和《证明单》留存备查。
一般纳税人丢失已开具专用发票的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票发票联复印件留存备查;如果丢失前未认证的，可使用专用发票发票联认证，专用发票发票联复印件留存备查。
一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联，可将专用发票抵扣联作为记账凭证，专用发票抵扣联复印件留存备查。
(二)虚开专用发票
1.虚开专用发票概述
虚开增值税专用发票是指有为他人虚开、为自己虚开、让他人为自己虚开、介绍他人虚开增值税专用发票行为之一的。虚开专用发票具体包括以下行为:
(1)没有货物购销或者没有提供或接受应税劳务而为他人、为自己、让他人为自己、介绍他人开具专用发票;
(2)有货物购销或者提供或接受了应税劳务但为他人、为自己、让他人为自己、介绍他人开具数量或者金额不实的专用发票;
(3)进行了实际经营活动，但让他人为自己代开专用发票。
2.虚开专用发票的处理
虚开发票的行为都是严重的违法行为，既涉及专用发票开具方或销售方，也涉及专用
发票接受方或购进方。
纳税人虚开增值税专用发票，未就其虚开金额申报并缴纳增值税的，应按照其虚开金额补缴增值税;已就其虚开金额申报并缴纳增值税的，不再按照其虚开金额补缴增值税。
税务机关对纳税人虚开增值税专用发票的行为，应按《税收征管法》及《发票管理办法》的有关规定给予处罚。
纳税人取得虚开的增值税专用发票，不得作为增值税合法有效的扣税凭证抵扣其进项税额。
受票方利用他人虚开的专用发票，向税务机关申报抵扣税款进行偷税的，应当依照《税收征管法》及有关法规追缴税款，处以偷税数额5倍以下的罚款;进项税额大于销项税额的，还应当调减其留抵的进项税额。利用虚开的专用发票进行骗取出口退税的，应当依法追缴税款，处以骗税数额5倍以下的罚款。
在货物交易中，购货方从销售方取得第袄方开具的专用发票，或者从销货地以外的地区取得专用发票，向税务机关巾报抵扣税款或者申请出口退税的，应当按偷税、骗取出口退税处理，依照《税收征管法》及有关法规追缴税款，处以偷税、骗税数额5倍以下的罚款。
纳税人取得虚开专用发票未申报抵扣税款，或者未申请出口退税的，应当依照《发票管理办法》及有关法规，按所取得专用发票的份数，分别处以1万元以下的罚款;但知道或者应当知道取得的是虚开的专用发票，或者让他人为自己提供虚开的专用发票的，应当从重处罚。
虚开专用发票或者利用虚开专用发票进行偷税、骗税，构成犯罪的，税务机关依法进行追缴税款等行政处理，并移送司法机关按全国人大常委会发布的《关于惩治虚开、伪造和非法出售增值税专用发票犯罪的决定》(中华人民共和国主席令第57号)和《刑法》的有关规定追究刑事责任。
(三)善意取得虚开的专用发票
1.善意取得虚开专用发票特征
购货方善意取得虚开专用发票，应同时具备以下特征:购货方与销售方存在真实的交易，销售方使用的是其所在省(自治区、直辖市和计划单列市)的专用发票，专用发票注明的销售方名称、印章、货物数量、金额及税额等全部内容与实际相符，且没有证据表明购货方知道销售方提供的专用发票是以非法手段获得的。
2.善意取得虚开专用发票的处理
善意取得虚开专用发票，对购货方应做以下处理:
(1)不以偷税或者骗取出口退税论处;
(2)取得的虚开专用发票应按有关法规不予抵扣进项税款或者不予出口、退税;已经抵扣的进项税款或者取得的出口退税，应依法追缴;
(3)如能重新取得合法、有效的专用发票，准许其抵扣进项税款;如不能重新取得合法、有效的专用发票，不准其抵扣进项税款或追缴其已抵扣的进项税款;
(4)因善意取得虚开专用发票被依法追缴其已抵扣税款的，不再加收滞纳金。
3.不属善意取得虚开专用发票及处理
有下列情形之一的，无论购货方(受票方)与销售方是否进行了实际的交易，专用发票所注明的数量、金额与实际交易是否相符，均不属于善意取得虚开专用发票:
(1)购货方取得的专用发票所注明的销售方名称、印章与其进行实际交易的销售方不符的，即“购货方从销售方取得第砚方开具的专用发票”;
(2)购货方取得的专用发票为销售方所在省(自治区、直辖市和计划单列市)以外地区的:即“从销货地以外的地区取得专用发票”;
(3)其他有证据表明购货方明知取得的专用发票系销售方以非法手段获得的，即“受票方利用他人虚开的专用发票，向税务机关申报抵扣税款进行偷税”。
对于购货方不属善意取得虚开专用发票的，应按前述取得虚开专用发票有关情况做出相应处理。
(四)失控专用发票
在税务机关按非正常户登记失控专用发票后，增值税一般纳税人又向税务机关申请防伪税控报税的，可通过防伪税控报税子系统的逾期报税功能受理报税。购买方主管税务机关对认证发现的失控发票，属于销售方已申报纳税的，可由销售方主管税务机关出具书面证明并通过协查系统回复购买方主管税务机关后，作为购买方抵扣增值税进项税额的凭证。
(五)异常增值税扣税凭证
1.走逃(失联)企业的判定
走逃(失联)企业，是指不履行税收义务并脱离税务机关监管的企业。
根据税务登记管理有关规定，税务机关通过实地调查、电话查询、涉税事项办理核查以及其他征管乎段，仍对企业和企业相关人员查无下落的，或虽然可以联系到企业代理记账、报税人员等，但其并不知情也不能联系到企业实际控制人的，可以判定该企业为走逃(失联)企业。
2.走逃(失联)企业开具增值税专用发票的处理
(1)走逃(失联)企业存续经营期间发生下列情形之一的，所对应属期开具的增值税专用发票列入异常增值税扣税凭证(以下简称异常凭证)范围。
商贸企业购进、销售货物名称严重背离的;生产企业无实际生产加工能力且无委托加工，或生产能耗与销售情况严重不符，或购进货物并不能直接生产其销售的货物且无委托加工的。
直接走逃失踪不纳税申报，或虽然申报但通过填列增值税纳税申报表相关栏次，规避税务机关审核比对，进行虚假申报的。
(2)增倩税一般纳税人取得异常凭证，尚未申报抵扣或申报出口退税的，暂不允许抵扣或办理退税;已经申报抵扣的，一律先作进项税额转出;已经办理出口退税的，税务机关可按照异常凭证所涉及的退税额对该企业其他已审核通过的应退税款暂缓办理出口退税，无其他应退税款或应退税款小于涉及退税额的，可由出口企业提供差额部分的担保。经核实，符合现行增值税进项税额抵扣或出口退税相关规定的，企业可继续申报抵扣，或解除担保并继续办理出口退税。
(3)异常凭证由开具方主管税务机关推送至接受方所在地税务机关进行处理。
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