(一)代开专用发票范围
代开专用发票是指已办理税务登记的小规模纳税人(包括个体工商户)以及国家税务总局确定的其他可予代开增值税专用发票的纳税人，在发生增值税应税行为，需要开具专用发票时，主管税务机关为其开具专用发票。除了税务机关，其他单位和个人不得代开专用发票。
小规模纳税人销售自己使用过的固定资产，应开具普通发票，不得由税务机关代开专用发票。
纳税人销售旧货，应开具普通发票，不得自行开具或者由税务机关代开专用发票。
(二)代开专用发票的要求
1.凡税务机关代开增值税专用发票必须通过防伪税控系统开具，通过防伪税控报税子系统采集代开增值税专用发票开具信息。
2.纳税人申请代开专用发票时，应填写《代开增值税专用发票缴纳税款申报单》，连同
税务登记证副本，到主管税务机关税款征收岗位按专用发票上注明的税额全额申报缴纳税款，同时缴纳专用发票工本费。
3.每月开票金额大于应征增值税税额的，以开票金额数为依据征收税款，并作为下一年度核定定期定额的依据
年度核定定期定额的依据。
(2)每月开票金额小于应征增值税税额的，按应征增值税税额数征收税款。
4.税务机关代开专用发票是填写有误的，应及时在防伪税控代开票系统中作废，重新开具。代开专用发票后发生退票的额，税务机关应按照增值税一般纳税人作废或开具负数专用发票的有关规定进行处理。对需要重新开票的，税务机关应同时进行新开票税额与原开票税额的清算，多退少补;对无需重新开票的，按有关规定退还增值税纳税人已缴的税款或抵顶下期正常申报税款。
5.税务机关为小规模纳税人代开专用发票需要开具红字专用发票的，比照一般纳税人开具红字专用发票的处理办法。
(三)货物运输业小规模纳税人申请代开增值税专用发票的管理
1.货物运输业小规模纳税人申请代开增值税专用发票的条件
具备以下条件的增值税纳税人可以申请代开增值税专用发票
(1)在中华人民共和国境内〔以下简称境内)提供公路或内河货物运输服务，并办理了工商登记和税务登记。
(2)提供公路货物运输服务的，取得《中华人民共和国道路运输经 营许可证》和《中华人民共和国道路运输证》;提供内河货物运输服务的，取得《中华人民共和国水路运输经营许可证》和《中华人民共和国水路运输证》。
(3)在税务登记地主管税务机关(以下简称主管税务机关)按增值税小规模纳税人管理。
2.申请代开增值税专用发票的地点
纳税人在境内提供公路或内河货物运输服务，需要开具增值税专用发票的，可在税务登记地、货物起运地、货物到达地或运输业务承揽地(含互联网物流平台所在地)中任何一地，就近向国税机关(以下称代开单位)申请代开增值税专用发票。
3.申请代开增值税专用发票需要提供的资料
纳税人应将营运资质和营运机动车、船舶信息向主管税务机关进行备案。
完成上述备案后，纳税人可向代开单位申请代开增值税专用发票，并向代开单位提供以下资料:
(1)《货物运输业代开增值税专用发票缴纳税款申报单》(以下简称《申报单》)。
(2)加载统一社会信用代码的营业执照(或税务登记证或组织机构代码证)复印件:
(3)经办人身份证件及复印件。
纳税人申请代开增值税专用发票时，应按机动车号牌或船舶登记号码分别填写《申报单》，挂车应单独填写《申报单》。《申报单》中填写的运输工具相关信息，必须与其向主管税务机关备案的信息一致。
纳税人对申请代开增值税专用发票时提交资料的真实性和合法性承担责任。
代开单位对纳税人提交资料的完整性和一致性进行核对。资料不符合要求的，应一次性告知纳税人补正资料;符合要求的，按规定代开增值税专用发票。
4.税款的缴纳
纳税人申请代开增值税专用发票时，应按照所代开增值税专用发票上注明的税额向代开单位全额缴纳增值税。
纳税人代开专用发票后，如发生服务中止、折让、开票有误等情形，需要作废增值税专用发票、开具增值税红字专用发票、重新代开增值税专用发票、办理退税等事宜的，应由原代开单位按照现行规定予以受理。
5.征收管理
纳税人在非税务登记地申请代开增值税专用发票，不改变主管税务机关对其实施税收管理。
纳税人应按照主管税务机关核定的纳税期限，按期计算增值税应纳税额，抵减其申请代开增值税专用发票缴纳的增值税后，向主管税务机关申报缴纳增值税。
纳税人代开增值税专用发票对应的销售额，一并计人该纳税人月(季、年)度销售额，作为主管税务机关对其实施税收管理的标准和依据。
增值税发票管理新系统定期将纳税人异地代开发票、税款缴纳等数据信息清分至主管税务机关。主管税务机关应加强数据比对分析，对纳税人申请代开增值税专用发票金额明显超出其实际运输能力的，主管税务机关可暂停其在非税务登记地代开增值税专用发票并及时约谈纳税人。经约谈排除疑点的，纳税人可继续在非税务登记地申请代开增值税专用发票。
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