在确定房地产转让的增值额和计算应纳土地增值税时，允许从房地产转让收入总额中扣除的项目及其金额，如果从征税对象或税基划分，大致可以分为三类:一是土地使用权人将未建建筑物或其他附着物的土地使用权出售给买受人时，允许从收人额中扣除的项日及其金额;二是纳税人取得土地使用权后，建造商品房，并将建造的商品房连同使用范围内的土地使用权出售给买受人，允许扣除的项目及其金额;三是纳税人出售上述两种情况之外的其他房地产，如出售旧房及建筑物，允许扣除的项日及其金额。
以上三类扣除项目依据具体内容不同，又可分为以下六类:
(一)取得土地使用权所支付的金额
取得土地使用权所支付的金额是指纳税人为取得土地使用权支付的地价款和按国家统一规定缴纳的有关费用之和。，其中，“取得.土地使用权所支付的金额”可以有三种形式:以出让方式取得土地使用权的，为支付的土地出计金;以行政划拨方式取得土地使用权的，为转让土地使用权时按规定补缴的出让金;以转让方式取得土地使用权的，为支付的地价款。
“按国家统一规定缴纳的有关费用”是指纳税人在取得土地使用权过程中为办理有关手续，按国家统一规定缴纳的有关登记、过户手续费和契税。
(二)开发土地和新建房及配套设施的成本(简称房地产开发成本厂)
房地产开发成本指纳税人开发房地产项目实际发生的成本，这些成本允许按实际发生数扣除。主要包括土地征用及拆迁补偿费、前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、公共配套设施费、开发间接费用等。
1.土地征用及拆迁补偿费，包括土地征用费、耕地占用税、劳动力安置费及有关地土、地下附着物拆迁补偿的净支出、安置动迁用房支出等。
2.前期工程费，包括规划、设计、项目可行性研究和水文、地质、勘察、测绘、“三通一平”等支出。
3.建筑安装工程费，是指以出包方式支付给承包单位的建筑安装工程费，以自营方式发生的建筑工程安装费。
4.基础设施费，包括开发小区内的道路、供水、供电、供气、排污、排洪、通信、照明、环卫、绿化等工程发生的支出。
5.公共配套设施费，包括不能有偿转让的开发小区内公共配套设施发生的支出。
6.开发间接费用，是指直接组织、管理开发项自所发生的费用，包括工资、职工福利费、折旧费、修理费、办公费、水电费、劳动保护费、周转房摊销等。
营改增后，土地增值税纳税人接受建筑安装服务取得的增慎税发票，应按照《国家税务总局关于全而推开营业税改征增值税试点有关税收征收管理事项的公告》(国家税务总局公告2016年第23号)规定，在发票的备注栏注明建筑服务发生地县(市、区)名称及项目名称，否则不得计入土地增值税扣除项目金额。
(三)开发土地和新建房及配套设施的费用(简称房地产开发费用)
房地产开发费用是指.与房地产开发项日有关的销售费用、管理费用、财务费用。根据新会计制度的规定，与房地产开发有关的费用直接计入当年损益，不按房地产项目进行归集或分摊。为了便于计算操作，《土地增值税暂行条例实施细则》对有关费用的扣除，尤其是财务费用中的数额较大的利息支出扣除，作了较为详细的规定。
1.对于利息支出以外的其他房地产开发费用，按取得土地使用权支付的金额和房地产开发成本金额之和，在5%以内计算扣除。
对于利息支出，分两种情况确定扣除:(1)凡能按转让房地产项目计算分摊利息并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。(2)凡不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，利息支出不得单独计算，而应并入房地产开发费用中一并计算扣除。在这种情况下，房地产开发费用的计算方法是，按取得土地使用权支付的金额和房地产开发成本金额之和，在10%以内计算扣除。计算扣除的具体比例，由省、自治区、直辖市人民政府规定。
上述规定的具体含义是:
纳税人能够按转让房地产项目计算分摊利息支出，并能提供金融机构的贷款证明的，其允许扣除的房地产开发费用为:
利息+(取得土地使用权所支付的金额+房地产开发成本)x5%以内(注:利息最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额)。
2.纳税人不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构贷款证明的，其允许扣除的房地产开发费用为:
(取得土地使用权所支付的金额+房地产开发成本)x10%以内。
此外，财政部、国家税务总局还对扣除项目金额中利息支出的计算问题作了两点专门规定:一是利息的上浮幅度按国家的有关规定执行，超过上浮幅度的部分不允许扣除；二是对于超过贷款期限的利息部分和加罚的利息不允许扣除。
(四)与转让房地产有关的税金
指在转让房地产时缴纳的印花税、城市维护建设税，教育费附加也可视同税金扣除。营改增后，计算土地增值税增值额的扣除项日中“与转让房地产有关的税金”不包括增值税。
允许扣除的印花税，是指在转让房地产时缴纳的印花税。房地产开发企业按照《施工、房地产开发企业财务制度》的有关规定，其缴纳的印花税列入管理费用，印花税不再单独扣除。房地产开发企业以外的其他纳税人在计算土地增值税时，允许扣除在转让房地产环节缴纳的印花税。
对于个人购入房地产再转让的，其在购入环节缴纳的契税，由于已经包含在旧房及建筑物的评估价格之中，因此，计征土地增值税时，不另作为与转让房地产有关的税金予以扣除。
营改增后，房地产开发企业实际缴纳的城市维护建设税、教育费附加，凡能够按清算项目准确计算的，允许据实扣除。凡不能按清算项目准确计算的，则按该清算项目预缴增值税时实际缴纳的城市维护建设税、教育费附加扣除。
(五)财政部确定的其他扣除项目
财政部确定的一项重要扣除项目是，对从事房地产开发的纳税人允许按取得土地使用权时所支付的金额和房地产开发成本之和，加计20%的扣除。
这项扣除政策的基本立法意图是，由于房地产开发项目从取得土地使用权后投入资金开发房地产，再将生地变为熟地后转让，开发周期长，投入资金量大，为了给正常房地产开发以合理的投资回报，因此，在计算应纳土地增值税时，不仅可以从转让收入中扣除取得土地使用权时支付的地价款、缴纳的有关费用、开发土地和新建房及配套设施的成本和规定费用，以及与转让房地产有关的税金，而且，还允许按取得土地使用权时所支付的金额和房地产开发成本加计20%的扣除。这样，就可以保证一般正常从事房地产开发的纳税人取得基本的投资回报，以调动其从事房地产开发的积极性。
但是，对取得土地使用权后，未进行开发即转让的，在计算应纳土地增值税时，只允许扣除取得土地使用权时支付的地价款、缴纳的有关费用，以及在转让环节缴纳的税金，不得加计扣除。这样规定的目的，主要是抑制炒买炒卖地皮的投机行为。
此外，对于县级及县级以上人民政府要求房地产开发企业在售房时代收的各项费用，可以根据代收费用是否计入房价和是否作为转让收入，确定能否扣除:(1)如果代收费用计入房价向购买方一并收取，则可作为转让房地产所取得的收入计税。相应地，在计算扣除项目金额时，代收费用可以扣除，但不得作为加计20%扣除的基数。(2)如果代收费用未计入房价中，而是在房价之外单独收取，可以不作为转让房地产的收入征税。相应地，在计算扣除项目金额时，代收费用就不得在收入中扣除。
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