为了加强土地增值税征收管理，规范土地增值税清算工作，根据《税收征管法》及其实施细则、《土地增值税暂行条例》及其实施细则等规定，自2009年6月1 日起对土地增值税的清算，执行以下规定:
(一)土地增值税清算的定义
土地增值税清算是指纳税人在符合土地增值税清算条件后，依照税收法律、法规及土地增值税有关政策规定，计算房地产开发项目应缴纳的土地增值税税额，并填写《土地增值税清算申报表》，向主管税务机关提供有关资料，办理土地增值税清算手续，结清该房地产项目应缴纳土地增值税税款的行为。
纳税人进行土地增值税清算时应当如实申报应缴纳的土地增值税税额，保证清算申报的真实性、准确性和完整性税务机关应当为纳税人提供优质纳税服务，加强土地增值税政策宣传辅导。主管税务机关应及时对纳税人清算申报的收入、扣除项目金额、增值额、增值率以及税款计算等情况进行审核，依法征收土地增值税。
(二)开发项目的前期管理
主管税务机关应加强房地产开发项目的日常税收管理，实施项目管理。管理工作应从纳税人取得土地使用权开始，按项目分别建立档案、设置台账，对纳税人项目立项、规划设汁、施工、预售、竣工验收、工程结算、项目清盘等房地产开发全过程情况实行跟踪监控，做到税务管理与纳税人项目开发同步。
同时，主管税务机关对纳税人项目开发期间的会计核算工作应当积极关注，对纳税人分期开发项日或者同时开发多个项目的，应督促纳税人根据清算要求按不同期间和不同项目合理归集有关收入、成本、费用。有条件的地区，主管税务机关可结合发票管理规定，对纳税人分期开发项口或者同时开发多个项目的，实施项目专用票据管理措施。
(三)土地增值税的清算受理
1.纳税人符合下列条件之一的，应进行土地增值税的清算:
(1)房地产开发项目全部竣工、完成销售的;
(2)整体转让未竣工决算房地产开发项目的:
(3)直接转让土地使用权的。
2.对符合以下条件之一的，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算;
(1.)已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑而积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的、
(2)取得销售(预售)许可证满3年仍未销售完毕的;
(3)纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的;
(4)省(自治区、直辖市、计划单列市)税务机关规定的其他情况。
对前款所列第(3)项情形，应在办理注销登记前进行土地增值税清算。
对于符合上述清算条件应进行土地增值税清算的项目，纳税人应当在满足条件之日起90日内到主管税务机关办理清算手续。对于符合上述条件的，税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算的项目，由主管税务机关确定是否进行清算;对于确定需要进行清算的项目，由主管税务机关下达清算通知，纳税人应当在收到清算通知之日起90日内办理清算手续。
应进行土地增值税清算的纳税人或经主管税务机关确定需要进行清算的纳税人，在上述规定的期限内拒不清算或不提供清算资料的，主管税务机关可依据《税收征管法》的有关规定处理。
3.纳税人清算土地增值税时应提供的清算资料。
(1)土地增值税清算表及其附表。
(2)房地产开发项目清算说明，主要内容应包括房地产开发项目立项、用地、开发、销售、关联方交易、融资、税款缴纳等基本情况及主管税务机关需要了解的其他情况。
(3)项目竣工决算报表、取得土地使用权所支付的地价款凭证、国有土地使用权出让合同、银行贷款利息结算通知单、项目工程合同结算单、商品房购销合同统计表、销售明细表、预售许可证等与转让房地产的收入、成本和费用有关的证明资料。主管税务机关需要相应项目记账凭证的，纳税人还应提供记账凭证复印件。
(4)纳税人委托税务中介机构审核鉴证的清算项日，还应报送中介机构出具的《土地增值税清算税款鉴证报告》。
4.主管税务机关收到纳税人清算资料后，对符合清算条件的项目，且报送的清算资料完备的，予以受理;对纳税人符合清算条件，但报送的清算资料不全的，应要求纳税人在规定限期内补报，纳税人在规定的期限内补齐清算资料后，予以受理;对不符合清算条件的项目，不予受理。上述具体期限由各省、自治区、直辖市、计划单列市税务机关确定。主管税务机关已受理的清算申请，纳税人无正当理由不得撤销。
5.主管税务机关按规定进行项目管理时，对符合税务机关要求纳税人进行清算情形的，应当作出评估，并经分管领导批准，确定要求纳税人进行清算的时间。对确定暂不清算的，应继续做好项目管理，每年作出评估，及时确定清算时间并通知纳税人办理清算。
6.主管税务机关受理纳税人清算资料后，应在一定期限内及时组织清算审核。具体期限由各省、自治区、直辖市、计划单列市税务机关确定。
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