为保护纳税人合法权益，《海关法》和《关税条例》都规定了纳税义务人对海关确定进出口货物的征税、减税、补税或者对退税等有异议时，有提出申诉的权利。在纳税义务人与海关发生纳税争议时，可以向海关申请复议，但同时应当在规定期限内按海关核定的税额缴纳关税，逾期则构成滞纳，海关有权按规定采取强制执行措施。
纳税争议的内容一般为进出境货物和物品的纳税义务人对海关在原产地认定、税则归类、税率或汇率适用、完税价格确定、关税减征、免征、追征、补征和退还等征税行为是否合法或适当，是否侵害了纳税义务人的合法权益，而对海关征收关税的行为表示异议。
纳税争议的申诉过程:纳税义务人自海关填发税款缴款书之日起30日内，向原征税海关的上一级海关书面申请复议，逾期申请复议的，海关不予受理。海关应当自收到复议申请之日起60日内作出复议决定，并以复议决定书的形式正式答复纳税义务人;纳税义务人对海关复议决定仍然不服的，可以自收到复议决定书之日起15日之内，向人民法院提起诉讼。
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