A公司名下有宗工业用地，上盖有厂房一栋，发生历史成本5亿元，已计提折旧4亿元（税会无差异）。经政府批准，A公司进行“工改商”自改（旧厂改造），拆除原厂房后新建商业用于对外出售。问：土地增值税清算中厂房的历史成本可否扣除？如可扣除，扣除的金额是多少？
这是典型的自拆自房，土增清算中历史成本可否扣除大致有两种主流意见：一种观点认为可以扣除；另外一种观点认为不可扣除，而应做资产损失或营业外支出。可扣除前提下，有的认为可以扣除原值（5亿元），有的认为可以扣除净值（5-4=1亿元，不考虑资产减值损失）。目前多数税务机关所持观点是上述厂房的成本不得在土增清算中扣除，主要的考虑并不是合理性的问题，而是操作性的问题；也有部分税务机关认可扣除净值。
作者的观点是土增清算中应允许扣除厂房相关成本，且成本以评估价为宜。自改模式的核心是改造主体和被拆除主体/被补偿主体的合二为一，导致不能自己补偿自己的问题。如果改造主体和被拆除主体/被补偿主体并不一致，则改造主体需要向被拆除主体/被补偿主体支付货币或非货币形式的补偿从而“获得”上述厂房后拆除，此等补偿通常体现的是厂房的市场价值，改造主体支付的此等补偿后续可作为拆迁补偿费用计入土增清算扣除项。自改模式下，直接认定厂房相关成本为0，显然是不妥当的，按厂房原值或净值，也不符合经济实质，即上述原值或净值不能体现厂房的现时价值。自改模式下的厂房成本扣除问题，可以参照转让旧房，基于评估价确定土增清算可扣除金额，作者认为是合理且可行的。
由于旧改成本缺失的现状，自改这条路基本被堵死了，在政策还不是特别友好的情况下，引入一个第三方主体（一般是关联方）作为拆补主体，从而将自拆自房环节的成本予以还原，是当下的权宜之计。
