一、申报纳税程序
根据《土地增值税暂行条例》规定，纳税人应自转让房地产合同签订之日起7日内，向房地产所在地的主管税务机关办理纳税申报。
二、房地产开发企业土地增值税清算管理(掌握)：
(一)土地增值税的清算条件：
1.符合下列情形之一的，纳税人应进行土地增值税的清算：
①房地产开发项目全部竣工、完成销售的;
②整体转让未竣工决算房地产开发项目的;
③直接转让土地使用权的。
2.符合下列情形之一的，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算：
①已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的;
②取得销售(预售)许可证满三年仍未销售完毕的;
③纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的;
④省税务机关规定的其他情况。
(二)清算时相关问题的处理
1.土地增值税清算时收入的确认
土地增值税清算时，已全额开具商品房销售发票的，按照发票所载金额确认收入;未开具发票或未全额开具发票的，以交易双方签订的销售合同所载的售房金额及其他收益确认收入。
2.房地产开发企业未支付的质量保证金，扣除项目金额的确定
房地产开发企业在工程竣工验收后，根据合同约定，扣留建筑安装施工企业一定比例的工程款，作为开发项目的质量保证金，在计算土地增值税时，建筑安装施工企业就质量保证金对房地产开发企业开具发票的，按发票所载金额予以扣除;未开具发票的，扣留的质保金不得计算扣除。
3.房地产开发费用的扣除(同前面规定)
4.房地产企业逾期开发缴纳的土地闲置费
房地产开发企业逾期开发缴纳土地闲置费不得扣除。
5.房地产开发企业取得土地使用权时支付的契税的扣除
房地产开发企业为取得土地使用权所支付的契税，应视同“按国家统一规定交纳的有关费用”，计入“取得土地使用权所支付的金额”中扣除。
6.关于拆迁安置土地增值税计算问题
(1)房地产企业用建造的本项目房地产安置回迁户的，安置用房视同销售处理确认收入，同时将此确认为房地产开发项目的拆迁补偿费。房地产开发企业支付给回迁户的补差价款，计入拆迁补偿费;回迁户支付给房地产开发企业的补差价款，应抵减本项目拆迁补偿费。
(2)开发企业采取异地安置，异地安置的房屋属于自行开发建造的，计入本项目的拆迁补偿费;异地安置的房屋属于购入的，以实际支付的购房支出计入拆迁补偿费。
(3)货币安置拆迁的，房地产开发企业凭合法有效凭据计入拆迁补偿费。
7.关于转让旧房准予扣除项目的加计问题
8.土地增值税清算后应补缴的土地增值税加收滞纳金问题
纳税人按规定预缴土地增值税后，清算补缴的土地增值税，在主管税务机关规定的期限内补缴的，不加收滞纳金。
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