为规范和加强非居民企业从事国际运输业务的税收管理，国家税务总局制定了《非居民企业从事国际运输业务税收管理暂行办法》(国家税务总局公告2014年第37号)，自2014年8月1日起施行。具体规定如下:
征收管理
1.非居民企业应自有关部门批准其经营资格或运输合同、协议签订之日起30日内，自行或委托代理人选择向境内一处业务口岸所在地主管税务机关办理税务登记，并同时提供经营资格证书、经营航线资料、相关业务合同以及境内联系人等相关信息。
非居民企业选择境内一处口岸办理税务登记后，应当在其他业务口岸发生业务时向所在地主管税务机关报送税务登记资料、运输合同及其他相关资料的复印件。
2.非居民企业按照上述规定已经办理税务登记的，应当按照《税收征管法》及有关法律法规设置账簿，根据合法、有效凭证记账，进行核算，准确计算应纳税所得额，自行或委托代理人向税务登记所在地主管税务机关依法申报缴纳企业所得税。
3.非居民企业从事国际运输业务取得的所得应根据《企业所得税法》的规定，从收入总额中减除实际发生并与取得收入有关、合理的支出后的余额确定应纳税所得额。
收入总额是指非居民企业运载旅客、货物或者邮件等进出中国境内口岸所得的客运收入、货运收入的总和。客运收入包括客票收入以及逾重行李运费、餐费、保险费、服务费和娱乐费等;货运收入包括基本运费以及各项附加费等。
4.非居民企业不能准确计算并依据实申报其应纳税所得额的，由主管税务机关按照《国家税务总局关于印发<非居民企业所得额核定征收管理办法>的通知》(国税发[2010]19号)的规定核定其应纳税所得额。
5.非居民企业从事国际运输业务符合《企业所得税法》指定扣缴情形的，支付人所在地主管税务机关应按照《非居民承包工程作业和提供劳务税收管理暂行办法》(国家税务总局令第19号)第十四条规定的程序，指定支付人为扣缴义务人。支付人包括：
(1)向非居民企业或其境内子公司、分公司或代表机构，或者有权代表非居民企业收取款项的境内外代理人支付款项的单位或个人;
(2)通过其境外关联方或有特殊利益联系的第三方支付款项的单位或个人;
(3)其他符合《企业所得税法》规定的单位或个人。
6.支付人每次代扣代缴税款时，应向其主管税务机关报送《中华人民共和国扣缴企业所得税申报表》及相关资料，并自代扣之日起7日内将税款缴入国库。
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