根据《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法>的公告》(国家税务总局公告2012年第57号)，自2013年1月1日起，跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理按以下规定执行。
税款预缴和汇算清缴
1.汇总纳税企业按照《企业所得税法》规定汇总计算的企业所得税，包括预缴税款和汇算清缴应缴应退税款,50%在各分支机构间分摊，各分支机构根据分摊税款就地办理缴库或退库;50%由总机构分摊缴纳，其中25%就地办理缴库或退库925%a就地全额缴入中央国库或退库。具体的税款缴库或退库程序按照《财政部国家税务总局中国人民银行关于印发<跨省市总分机构企业所得税分配及预算管理办法>的通知》(财预[2012] 40号)第五条等相关规定执行。
2.企业所得税分月或者分季预缴，由总机构所在地主管税务机关具体核定。
汇总纳税企业应根据当期实际利润额，按照办法规定的预缴分摊方法计算总机构和分支机构的企业所得税预缴额，分别由总机构和分支机构就地预缴;在规定期限内按实际利润额预缴有困难的，也可以按照上一年度应纳税所得额的1/12或1/4,按照办法规定的预缴分摊方法计算总机构和分支机构的企业所得税预缴额，分别由总机构和分支机构就地预缴。预缴方法一经确定，当年度不得变更。
3.总机构应将本期企业应纳所得税额的50%部分，在每月或季度终了后15日内就地申报预缴。总机构应将本期企业应纳所得税额的另外50%部分，按照各分支机构应分摊的比例，在各分支机构之间进行分摊，并及时通知到各分支机构;各分支机构应在每月或季度终了之日起15日内，就其分摊的所得税额就地申报预缴。
分支机构未按税款分配数额预缴所得税造成少缴税款的，主管税务机关应按照《税收征管法》的有关规定对其处罚;并将处罚结果通知总机构所在地主管税务机关。
4.汇总纳税企业预缴申报时，总机构除报送企业所得税预缴申报表和企业当期财务报表外，还应报送汇总纳税企业分支机构所得税分配表和各分支机构上一年度的年度财务报表(或年度财务状况和营业收支情况);分支机构除报送企业所得税预缴申报表(只填列部分项目)外，还应报送经总机构所在地主管税务机关受理的汇总纳税企业分支机构所得税分配表。
在一个纳税年度内，各分支机构上一年度的年度财务报表(或年度财务状况和营业收支情况)原则上只需要报送一次。
5.汇总纳税企业应当自年度终了之日起5个月内，由总机构汇总计算企业年度应纳所得税额，扣除总机构和各分支机构已预缴的税款，计算出应缴应退税款，按照《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》规定的税款分摊方法计算总机构和分支机构的企业所得税应缴应退税款，分别由总机构和分支机构就地办理税款缴库或退库。
汇总纳税企业在纳税年度内预缴企业所得税税款少于全年应缴企业所得税税款的，应在汇算清缴期内由总、分机构分别结清应缴的企业所得税税款;预缴税款超过应缴税款的，主管税务机关应及时按有关规定分另lJ办理退税，或者经总、分机构同意后分别抵缴其下一年度应缴企业所得税税款。
6.汇总纳税企业汇算清缴时，总机构除报送企业所得税年度纳税申报表和年度财务报表外，还应报送汇总纳税企业分支机构所得税分配表、各分支机构的年度财务报表和各分支机构参与企业年度纳税调整情况的说明;分支机构除报送企业所得税年度纳税申报表(只填列部分项目)外，还应报送经总机构所在地主管税务机关受理的汇总纳税企业分支机构所得税分配表、分支机构的年度财务报表(或年度财务状况和营业收支情况)和分支机构参与企业年度纳税调整情况的说明。
分支机构参与企业年度纳税调整情况的说明，可参照企业所得税年度纳税申报表附表“纳税调整项目明细表”中列明的项目进行说明，涉及需由总机构统一计算调整的项目不进行说明。
7.分支机构未按规定报送经总机构所在地主管税务机关受理的汇总纳税企业分支机构所得税分配表，分支机构所在地主管税务机关应责成该分支机构在申报期内报送，同时提请总机构所在地主管税务机关督促总机构按照规定提供上述分配表;分支机构在申报期内不提供的，山分支机构所在地主管税务机关对分支机构按照《税收征管法》的有关规定予以处罚;属于总机构未向分支机构提供分配表的，分支机构所在地主管税务机关还应提请总机构所在地主管税务机关对总机构按照《税收征管法》的有关规定予以处罚。
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