根据《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法>的公告》(国家税务总局公告2012年第57号)，自2013年1月1日起，跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理按以下规定执行。
总分机构分摊税款的计算
1.总机构按以下公式计算分摊税款:
总机构分摊税款=汇总纳税企业当期应纳所得税额x 50%
2.分支机构按以下公式计算分摊税款:
所有分支机构分摊税款总额=汇总纳税企业当期应纳所得税额x 50%
某分支机构分摊税款=所有分支机构分摊税款总额x该分支机构分摊比例
3.总机构应按照上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素计算各分支机构分摊所得税款的比例;三级及以下分支机构，其营业收入、职工薪酬和资产总额统一计入二级分支机构;三因素的权重依次为0. 35 ,0.35 ,0.30。
计算公式如下;
某分支机构分摊比例=(该分支机构营业收入/各分支机构营业收入之和)x0.35 +(该分支机构职工薪酬/各分支机构职工薪酬之和)x0.35+(该分支机构资产总额/各分支机构资产总额之和)x0.30
分支机构分摊比例按上述方法一经确定后，除出现《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》(国家税务总局公告2012年第57号文件发布)第五条第(四)项和第十六条第二、三款情形外，当年不作调整。
4.总机构设立具有主体生产经营职能的部门(非第(一)款第3项规定的二级分支机构)，且该部门的营业收入、职工薪酬和资产总额与管理职能部门分开核算的，可将该部门视同一个二级分支机构，按规定计算分摊并就地缴纳企业所得税;该部门与管理职能部门的营业收入、职工薪酬和资产总额不能分开核算的，该部门不得视同一个二级分支机构，不得计算分摊并就地缴纳企业所得税。
汇总纳税企业当年由于重组等原因从其他企业取得重组当年之前已存在的二级分支机构，并作为本企业二级分支机构管理的，该二级分支机构不视同当年新设立的二级分支机构，按规定计算分摊并就地缴纳企业所得税。
汇总纳税企业内就地分摊缴纳企业所得税的总机构、二级分支机构之间，发生合并、分立、管理层级变更等形成的新设或存续的二级分支机构，不视同当年新设立的二级分支机构，按规定计算分摊并就地缴纳企业所得税。
5.所称分支机构营业收入，是指分支机构销售商品、提供劳务、让渡资产使用权等日常经营活动实现的全部收入。其中，生产经营企业分支机构营业收入是指生产经营企业分支机构销售商品、提供劳务、让渡资产使用权等取得的全部收入。金融企业分支机构营业收入是指金融企业分支机构取得的利息、手续费、佣金等全部收入。保险企业分支机构营业收入是指保险企业分支机构取得的保费等全部收入。
所称分支机构职工薪酬，是指分支机构为获得职工提供的服务而给予各种形式的报酬以及其他相关支出。
所称分支机构资产总额，是指分支机构在经营活动中实际使用的应归属于该分支机构的资产合计额。
所称上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额，是指分支机构上年度全年的营业收入、职工薪酬数据和上年度12月31日的资产总额数据，是依照国家统一会计制度的规定核算的数据。
一个纳税年度内，总机构首次计算分摊税款时采用的分支机构营业收入、职工薪酬和资产总额数据，与此后经过中国注册会计师审计确认的数据不一致的，不作调整。
6.对于按照税收法律、法规和其他规定，总机构和分支机构处于不同税率地区的，先由总机构统一计算全部应纳税所得额，然后按《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》第六条规定的比例和按第十五条计算的分摊比例，计算划分不同税率地区机构的应纳税所得额，再分别按各自的适用税率计算应纳税额后加总计算出汇总纳税企业的应纳所得税总额，最后按《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》第六条规定的比例和按第十五条计算的分摊比例，向总机构和分支机构分摊就地缴纳的企业所得税款。
7.分支机构所在地主管税务机关应根据经总机构所在地主管税务机关受理的汇总纳税企业分支机构所得税分配表、分支机构的年度财务报表(或年度财务状况和营业收支情况)等，对其主管分支机构计算分摊税款比例的三个因素、计算的分摊税款比例和应分摊缴纳的所得税税款进行查验核对;对查验项目有异议的，应于收到汇总纳税企业分支机构所得税分配表后30日内向企业总机构所在地主管税务机关提出书面复核建议，并附送相关数据资料。
总机构所在地主管税务机关必须于收到复核建议后30日内，对分摊税款的比例进行复核，作出调整或维持原比例的决定，并将复核结果函复分支机构所在地主管税务机关。分支机构所在地主管税务机关应执行总机构所在地主管税务机关的复核决定。
总机构所在地主管税务机关未在规定时间内复核并函复复核结果的，上级税务机关应对总机构所在地主管税务机关按照有关规定进行处理。
复核期间，分支机构应先按总机构确定的分摊比例申报缴纳税款。
8.汇总纳税企业未按照规定准确计算分摊税款，造成总机构与分支机构之间同时存在一方(或几方)多缴另一方(或几方)少缴税款的，其总机构或分支机构分摊缴纳的企业所得税低于按《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》观定计算分摊的数额的，应在下一税款缴纳期内，由总机构将按截跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》规定计算分摊的税款差额分摊到总机构或分支机构补缴;其总机构或分支机构就地缴纳的企业所得税高于按《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》规定计算分摊的数额的，应在下一税款缴纳期内，由总机构将按本办法规定计算分摊的税款差额从总机构或分支机构的分摊税款中扣减。
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