为了加强土地增值税征收管理，规范土地增值税清算工作，根据《税收征管法》及其实施细则、《土地增值税暂行条例》及其实施细则等规定，自2009年6月1 日起对土地增值税的清算，执行以下规定:
清算时相关问题的处理:
1.土地增值税清算时收入的确认
土地增值税清算时，已全额开具商品房销售发票的，按照发票所载金额确认收入;未开具发票或未全额开具发票的，以交易双方签汀的销售合同所载的售房金额及其他收益确认收入。销售合同所载商品房面积与有关部门实际测量面积不一致，在清算前已发生补、退房款的，应在计算土地增值税时予以调整。
房地产开发企业在营改增后进行房地产开发项目土地增值税清算时，按以下方法确定相关金额:
(1)土地增值税应税收入=营改增前转让房地产取得的收入+营改增后转让房地产取得的不含增值税收人
(2)与转让房地产有关的税金=营改增前实际缴纳的营业税、城建税、教育费附加+营改增后允许扣除的城市维护建设税、教育费附加
2.房地产开发企业未支付的质量保证金，其扣除项目金额的确定
房地产开发企业在工程竣工验收后，根据合同约定，扣留建筑安装施工企业一定比例的工程款，作为开发项目的质量保证金，在计算土地增值税时，建筑安装施工企业就质量保证金对房地产开发企业开具发票的，按发票所载金额予以扣除;未开具发票的，扣留的质量保金不得计算扣除。
3.房地产开发费用的扣除
(1)财务费用中的利息支出，凡能够按转让房地产项日计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。其他房地产开发费用，在按照“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的5%以内计算扣除。
(2)凡不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，房地产开发费用在按“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的10l%以内计算扣除。
全部使用自有资金，没有利息支出的，按照以上方法扣除。
上述具体适用的比例按省级人民政府此前规定的比例执行。
(3)房地产开发企业既向金融机构借款，又有其他借款的，其房地产开发费用计算扣除时不能同时适用第(1)项所述两种办法。
(4)土地增值税清算时，已经计入房地产开发成本的利息支出，应调整至财务费用中计算扣除。
4.房地产企业逾期开发缴纳的土地闲置费
房地产开发企业逾期开发缴纳的土地闲置费不得扣除。
5.房地产开发企业取得土地使用权时支付的契税的扣除
房地产开发企业为取得土地使用权所支付的契税，应视同“按国家统一规定缴纳的有关费用”，计入“取得土地使用权所支付的金额”中扣除。
6.拆迁安置土地增值税的计算
(1)房地产企业用建造的本项目房地产安置回迁户的，安置用房视同销售处理，按《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》(国税发[2006]187号)第三条第(一)款规定确认收入，同时将此确认为房地产开发项目的拆迁补偿费。房地产开发企业支付给回迁户的补差价款，计入拆迁补偿费;回迁户支付给房地产开发企业的补差价款，应抵减本项目拆迁补偿费。
(2)开发企业采取异地安置，异地安置的房屋属于自行开发建造的，房屋价值按国税发[2006]187号文件第三条第(一)款的规定计算，计入本项目的拆迁补偿费;异地安置的房屋属于购入的，以实际支付的购房支出计入拆迁补偿费。
(3)货币安置拆迁的，房地产升发企业凭合法有效凭据计入拆迁补偿费。
7.转让旧房准予扣除项目的加计问题
《财政部 国家税务总局关于土地增值税若于问题的通知》(财税[2006]21号)第二条第(一)款规定“纳税人转让旧房及建筑物，凡不能取得评估价格，但能提供购房发票的，经当地税务部门确认，条例第六条第(一)、(三)项规定的扣除项目的金额，可按发票所载金额并从购买年度起至转让年度止每年加计5%计算”。计算扣除项目时“每年”按购房发票所载日期起至售房发票开具之日止，每满12个月计一年;超过一年，未满12个月但超过6个月的，可以视同为一年。
8.土地增值税清算后应补缴的土地增值税加收滞纳金问题
纳税人按规定预缴土地增值税后，清算补缴的土地增值税，在主管税务机关规定的期限内补缴的，不加收滞纳金。
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