为了加强土地增值税征收管理，规范土地增值税清算工作，根据《税收征管法》及其实施细则、《土地增值税暂行条例》及其实施细则等规定，自2009年6月1 日起对土地增值税的清算，执行以下规定:
清算审核方法
清算审核包括案头审核、实地审核。案头审核是指对纳税人报送的清算资料进行数据、逻辑审核，重点审核项目归集的一致性、数据计算的准确性等。实地审核是指在案头审核的基础上，通过对房地产开发项目实地查验等方式，对纳税人申报情况的客观性、真实性、合理性进行审核。
1.清算审核时，应审核房地产开发项日是否以国家有关部门审批、备案的项目为单位进行清算;对于分期开发的项目，是否以分期项目为单位清算;对同项目中的不同类型房地产(如普通住宅和非普通住宅)是否分别计算增值额、增值率，缴纳土地增值税。
2.审核收入情况时，应结合销售发票、销售合同(含房管部门网上备案登记资料)、商品房销售(预售)许可证、房产销售分户明细表及其他有关资料，重点审核销售明细表、房地产销售面积与项目可售面积的数据关联性，以核实计税收入;对销售合同所载商品房面积与有关部门实际测量面积不一致，而发生补、退房款的收入凋整情况进行审核;对销售价格进行评估，审核有无价格明显偏低的情况。
必要时，主管税务机关可通过实地查验，确认有无少计、漏计事项，确认有无将开发产品用于职工福利、奖励、对外投资、分配给股东或投资人、抵偿债务、换取其他单位和个人的非货币性资产等情况。
3.非直接销售和自用房地产的收人确定。
(1)房地产开发企业将开发产品用于职工福利、奖励、对外投资、分配给股东或投资人、抵偿债务、换取其他单位和个人的非货币性资产等，发生所有权转移时应视同销售房地产，其收入按下列方法和顺序确认:
①按本企业在同一地区、同一年度销售的同类房地产的平均价格确定;
②由主管税务机关参照当地当年、同类房地产的市场价格或评估价值确定。
(2)房地产开发企业将开发的部分房地产转为企业自用或用于出租等商业用途时，如果产权未发生转移，不征收土地增值税，在税款清算时不列收入，不扣除相应的成本和费用。
根据(国家税务总局关于未办理土地使用权证转让土地有关税收问题的批复》(国税函[2007]645号)，土地使用者转让、抵押或置换土地，无论其是否取得了该土地的使用权属证书，无论其在转让、抵押或置换土地过程中是否与对方当事人办理了土地使用权属证书变更登记手续，只要土地使用者享有占有、使用、收益或处分该土地的权利，且有合同等证据表明其实质转让、抵押或置换了土地并取得了相应的经济利益，土地使用者及其对方一当事人应当依照税法规定缴纳营业税、土地增值税和契税等相关税收。
4.土地增值税扣除项日审核的内容包括:
(1)取得土地使用权所支付的金额。
(2)房地产开发成本，包括:土地征用及拆迁补偿费、前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、公共配套设施费、开发间接费用。
(3)房地产开发费用。
(4)与转让房地产有关的税金。
(5)国家规定的其他扣除项目。
5.审核扣除项目是否符合下列要求:
(1)在土地增值税清算中，计算扣除项亩金额时，其实际发生的支出应当取得但未取得合法凭据的不得扣除。
(2)扣除项目金额中所归集的各项成本和费用，必须是实际发生的。
(3)扣除项目金额应当准确地在各扣除项目中分别归集，不得混淆。
(4)扣除项目金额中所归集的各项成本和费用必须是在清算项目开发中直接发生的或应当分摊的。
(5)纳税人分期开发项目或者同时开发多个项目的，或者同一项目中建造不同类型房地产的，应按照受益对象，采用合理的分配方法，分摊共同的成本费用。
(6)对同一类事项，应当采取相同的会计政策或处理方法。会计核算与税务处理规定不一致的，以税务处理规定为准。
6.审核取得土地使用权支付金额和土地征用及拆迁补偿费时应当重点关注:
(1)同一宗土地有多个开发项目，是否予以分摊，分摊办法是否合理、合规，具体金额的计算是否正确。
(2)是否存在将房地产开发费用计入取得土地使用权支付金额以及土地征用及拆迁补偿费的清形。
(3)拆迁补偿费是否实际发生，尤其是支付给个人的拆迁补偿款、拆迁(回迁)合同和签收花名册或签收凭证是否一一对应。
7.审核前期工程费、基础设施费时应当重点关注:
(1)前期工程费、基础设施费是否真实发生，是否存在虚列情形。
(2)是否将房地产开发费用计入前期工程费、基础设施费。
(3)多个(或分期)项目共同发生的前期工程费、基础设施费，是否按项目合理分摊。
8.审核公共配套设施费时应当重点关注:
(1)公共配套设施的界定是否准确，公共配套没施费是否真实发生，有无预提公共配套设施费的情况。
(2)是否将房地产开发费用计入公共配套设施费。
(3)多个(或分期)项目共同发生的公共配套设施费，是否按项目合理分摊。
9.审核建筑安装程费时应当重点关注:
(1)发生的费用是否与决算报告、审计报告、工程结算报告、工程施工合同记载的内容相符。
(2)房地产开发企业自购建筑材料时，自购建材费用是否重复计算扣除项目。
(3)参照当地当期同类开发项目单位平均建安成本或当地建设部门公布的单位定额成本，验证建筑安装工程费支出是否存在异常。
(4)房地产开发企业采用自营方式自行施工建设的，还应当关注有无虚列、多列施工人工费、材料费、机械使用费等情况
(5)建筑安装发票是否在项目所在地税务机关开具。
10.审核开发间接费用时应当重点关注:
(1)是否存在将企业行政管理部门(总部)为组织和管理生产经营活动而发生的管理费用计入开发间接费用的情形。
(2)开发间接费用是否真实发生，有无预提开发间接费用的情况，取得的凭证是否合法有效:
11.审核利息支出时应当重点关注:
(1)是否将利息支出从房地产开发成本中调整至开发费用。
(2)分期开发项目或者同时开发多个项目的，其取得的一般性贷款的利息支出，是否按照项目合理分摊。
(3)利用闲置专项借款对外投资取得收益，其收益是否冲减利息支出。
12.代收费用的审核。
对于县级以上人民政府要求房地产开发企业在售房时代收的各项费用，审核其代收费用是否计入房价并向购买方一并收取;当代收费用计入房价时，审核有无将代收费用计入加计扣除以及房地产开发费用计算基数的清形。
13.依据《关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》(国税发[2006]187号)，房地产开发企业开发建造的与清算项目配套的居委会和派出所用房、会所、停车场(库)、物业管理场所、变电站、热力站、水厂、文体场馆、学校、幼儿园、托儿所、医院、邮电通信等公共设施，按以下原则处理:
(1)建成后产权属于全体业主所有的，其成本、费用可以扣除;
(2)建成后无偿移交给政府、公用事业单位用于非营利性社会公共事业的，其成本、费用可以扣除;
(3)建成后有偿转让的，应计算收入，并准予扣除成本、费用;
(4)房地产开发企业销售已装修的房屋，其装修费用可以计入房地产开发成本。房地产开发企业的预提费用，除另有规定外，不得扣除。
14.关联方交易行为的审核。
在审核收入和扣除项目时，应重点关注关联企业交易是否按照公允价值和营业常规进行业务往来。
应当关注企业大额应付款余额，审核交易行为是否真实。
15.纳税人委托中介机构审核鉴证的清算项目，主管税务机关应当采取适当方法对有关鉴证报告的合法性、真实性进行审核。对纳税人委托中介机构审核鉴证的清算项目，主管税务机关未采信或部分未采信鉴证报告的，应当告知其理由。
16.土地增值税清算审核结束，主管税务机关应当将审核结果书面通知纳税人，并确定办理补、退税期限。
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