为规范和加强非居民企业从事国际运输业务的税收管理，国家税务总局制定了《非居民企业从事国际运输业务税收管理暂行办法》(国家税务总局公告2014年第37号)，自2014年8月1日起施行。具体规定如下:
享受税收协定待遇管理
1.非居民企业享受税收协定待遇适用的国际运输收入或所得以及税种的范围，按照税收协定有关规定执行。①
2.非居民纳税人需享受协定待遇的，依照《国家税务总局关于发布<非居民纳税人享受税收协定待遇管理办法>的公告》(国家税务总局公告2015年第60号)应在纳税申报时自行报送或由扣缴义务人在扣缴申报时报送以下报告表和资料:
(1)《非居民纳税人税收居民身份信息报告表》;
(2)《非居民纳税人享受税收协定待遇情况报告表》;
(3)由协定缔约对方税务主管当局在纳税申报或扣缴申报前一个公历年度开始以后出具的税收居民身份证明;享受税收协定国际运输条款待遇或国际运输协定待遇的企业，可以缔约对方运输主管部门在纳税申报或扣缴申报前一个公历年度开始以后出具的法人证明代替税收居民身份证明;享受国际运输协定待遇的个人，可以缔约对方政府签发的护照复印件代替税收居民身份证明;
(4)与取得相关所得有关的合同、协议、董事会或股东会决议、支付凭证等权属证明资料;
(5)其他税收规范性文件规定非居民纳税人享受特定条款税收协定待遇或国际运输协定待遇应当提交的证明资料。
非居民纳税人可以自行提供能够证明其符合享受协定待遇条件的其他资料。
3.非居民企业未按上述规定备案并提交资料的，不得享受税收协定待遇;已经自行享受税收协定待遇的，经主管税务机关责令限期改正仍未改正，又无正当理由的，应补缴税款，并根据《税收征管法》有关规定处理。
4.非居民企业在境内多个口岸发生国际运输业务的，应将主管税务机关受理后的享受协定待遇备案表复印件提交给其他口岸主管税务机关留存备查。其他口岸主管税务机关如有异议，应与受理享受协定待遇备案的主管税务机关沟通协调，协调不一致的向共同上一级税务机关报告。
5.非居民企业可享受但米曾享受税收协定待遇，且因未享受本可享受的税收协定待遇而多缴税款的，可自结算缴纳该多缴税款之日起三年内向主管税务机关提出追补享受税收协定待遇的要求，并按《非居民享受税收协定待遇管理办法(试行)》规定补办备案手续，退还多缴的税款;超过前述规定时限的，主管税务机关不予受理。
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