为规范和加强非居民企业从事国际运输业务的税收管理，国家税务总局制定了《非居民企业从事国际运输业务税收管理暂行办法》(国家税务总局公告2014年第37号)，自2014年8月1日起施行。具体规定如下:
跟踪管理
1.主管税务机关应当按照逐户建档、按户管理的原则，建立非居民企业从事国际运输业务的管理台账和纳税档案。及时、准确掌握其收取运费及相关款项、税款缴纳、享受税收协定待遇等情况。
2.主管税务机关应对非居民企业享受税收协定待遇情况进行跟踪管理。对其按上述第(三)款第2项规定报送的资料与所从事的国际运输业务内容，以及备案提交的资料进行对比稽核，对于不符合享受税收协定待遇条件且未履行纳税义务的情形，应按照《税收征管法》有关规定处理。
3.主管税务机关应与港务、航管、海关、商检、海监、外汇管理、商务等部门加强合作，获取相关税源信息，对非居民企业进出境内口岸、履行纳税义务、收取运费及相关款项等情况实施监控。
4.主管税务机关在境内难以获取涉税信息时，可以制作专项情报，由税务总局向缔约国对方提出专项情报请求。
法律责任
非居民企业、扣缴义务人或代理人存在税收违法行为的，税务机关应按照《税收征管法》的有关规定处理。
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