1.企业未按照规定向税务机关报送企业年度关联业务往来报告表，或者未保存同期资料或其他相关资料的，依照《税收征管法》第六十条和第六十二条的规定处理。
2.企业拒绝提供同期资料等关联交易的相关资料，或者提供虚假、不完整资料，未能真实反映其关联业务往来情况的，依照《税收征管法》第七十条、《税收征管法实施细则》第九十六条、《企业所得税法》第四十四条及《企业所得税法实施条例》第一百一十五条的规定处理。
3.税务机关根据《企业所得税法》及其实施条例的规定，对企业作出特别纳税调整的，应对2008年1月i日以后发生交易补征的企业所得税税款，按日加收利息。
(1)计息期间自税款所属纳税年度的次年6月1日起至补缴(预缴)税款入库之日止。
(2)利息率按照税款所属纳税年度12月31日实行的与补税期间同期的中国人民银行人民币贷款基准利率加5个百分点计算，并按一年365天折算日利息率。
(3)企业按照规定提供同期资料和其他相关资料的，或者企业符合免予准备同期资料规定但根据税务机关要求提供其他相关资料的，可以只按基准利率计算加收利息。
企业按照规定免予准备同期资料，但经税务机关调查，其实际关联交易额达到必须准备同期资料的标准的，税务机关对补征税款加收利息，适用本条第(2)项规定。
(4)按照本条规定加收的利息，不得在计算应纳税所得额时扣除。
4.企业在税务机关作出特别纳税调整决定前预缴税款的，收到调整补税通知书后补缴税款时，按照应补缴税款所属年度的先后顺序确定已预缴税款的所属年度，以预缴入库日为截止日，分别计算应加收的利息额。
5.企业对特别纳税调整应补征的税款及利息，应在税务机关调整通知书规定的期限内缴纳入库。企业有特殊困难，不能按期缴纳税款的，应依照《税收征管法》第三十一条及《税收征管法实施细则》第四十一条和第四十二条的有关规定办理延期缴纳税款。逾期不申请延期又不缴纳税款的，税务机关应按照《税收征管法》第三十二条及其他有关规定处理。
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