根据《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法>的公告》(国家税务总局公告2012年第57号)，自2013年1月1日起，跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理按以下规定执行。
日常管理
1.汇总纳税企业总机构和分支机构应依法办理税务登记，接受所在地主管税务机关的监督和管理。
2.总机构应将其所有二级及以下分支机构信息报其所在地主管税务机关备案，内容包括分支机构名称、层级、地址、邮编、纳税人识别号及企业所得税主管税务机关名称、地址和邮编。
分支机构应将其总机构、上级分支机构和下属分支机构信息报其所在地主管税务机关备案，内容包括总机构、上级机构和下属分支机构名称、层级、地址、邮编、纳税人识别号及企业所得税主管税务机关名称、地址和邮编。
上述备案信息发生变化的，除另有规定外，应在内容变化后30日内报总机构和分支机构所在地主管税务机关备案，并办理变更税务登记。
分支机构注销税务登记后15日内，总机构应将分支机构注销情况报所在地主管税务机关备案，并办理变更税务登记。
3.以总机构名义进行生产经营的非法人分支机构，无法提供汇总纳税企业分支机构所得税分配表，应在预缴申报期内向其所在地主管税务机关报送非法人营业执照(或登记证书)的复印件、由总机构出具的二级及以下分支机构的有效证明和支持有效证明的相关材料(包括总机构拨款证明、总分机构协议或合同、公司章程、管理制度等)、证明其二级及以下分支机构身份。
二级及以下分支机构所在地主管税务机关应对二级及以下分支机构进行审核鉴定，对应按规定就地分摊缴纳企业所得税的二级分支机构，应督促其及时就地缴纳企业所得税。
4.以总机构名义进行生产经营的非法人分支机构，无法提供汇总纳税企业分支机构所得税分配表，也无法提供《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》第二十三条规定相关证据证明其二级及以下分支机构身份的，应视同独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税，不执行该办法的相关规定。
按上款规定视同独立纳税人的分支机构，其独立纳税人身份一个年度内不得变更。
5.汇总纳税企业发生的资产损失，应按以下规定申报扣除:
(1)总机构及二级分支机构发生的资产损失，除应按专项申报和清单申报的有关规定各自向所在地主管税务机关申报外，二级分支机构还应同时上报总机构;三级及以下分支机构发生的资产损失不需向所在地主管税务机关申报，应并入二级分支机构，由二级分支机构统一申报。
(2)总机构对各分支机构L报的资产损失，除税务机关另有规定外，应以清单申报的形式向所在地主管税务机关申报。
(3)总机构将分支机构所属资产捆绑打包转让所发生的资产损失，由总机构向所在地主管税务机关专项申报。
二级分支机构所在地主管税务机关应对二级分支机构申报扣除的资产损失强化后续管理。
6.对于按照税收法律、法规和其他规定，由分支机构所在地主管税务机关管理的企业所得税优惠事项，分支机构所在地主管税务机关应加强审批(核)、备案管理，并通过评估、检查和台账管理等手段，加强后续管理。
7.总机构所在地主管税务机关应加强对汇总纳税企业申报缴纳企业所得税的管理，可以对企业自行实施税务检查，也可以与二级分支机构所在地主管税务机关联合实施税务检查。
总机构所在地主管税务机关应对查实项目按照《企业所得税法》的规定统一计算查增的应纳税所得额和应纳税额。
总机构应将查补所得税款(包括滞纳金、罚款，下同)的50%按照第(三)款第3项规定计算的分摊比例，分摊给各分支机构(不包括第(一)款第4项规定的分支机构)缴纳，各分支机构根据分摊查补税款就地办理缴库;50%分摊给总机构缴纳，其中25%就地办理缴库，25%就地全额缴入中央国库。具体的税款缴库程序按照财预(2012)40号文件第五条等相关规定执行。
汇总纳税企业缴纳查补所得税款时，总机构应向其所在地主管税务机关报送汇总纳税企业分支机构所得税分配表和总机构所在地主管税务机关出具的税务检查结论，各分支机构也应向其所在地主管税务机关报送经总机构所在地主管税务机关受理的汇总纳税企业分支机构所得税分配表和税务检查结论。
8.二级分支机构所在地主管税务机关应配合总机构所在地主管税务机关对其主管二级分支机构实施税务检查，也可以自行对该二级分支机构实施税务检查。
二级分支机构所在地主管税务机关自行对其主管二级分支机构实施税务检查，可对查实项目按照《企业所得税法》的规定自行计算查增的应纳税所得额和应纳税额。
计算查增的应纳税所得额时，应减除允许弥补的汇总纳税企业以前年度亏损;对于需由总机构统一计算的税前扣除项日，不得由分支机构自行计算调整。
二级分支机构应将查补所得税款的50%分摊给总机构缴纳，其中25%就地办理缴库，25%就地全额缴入中央国库;50%分摊给该二级分支机构就地办理缴库。具体的税款缴库程序按照财预[2012]40号文件第五条等相关规定执行。
汇总纳税企业缴纳查补所得税款时，总机构应向其所在地主管税务机关报送经二级分支机构所在地主管税务机关受理的汇总纳税企业分支机构所得税分配表和二级分支机构所在地主管税务机关出具的税务检查结论，二级分支机构也应向其所在地主管税务机关报送汇总纳税企业分支机构所得税分配表和税务检查结论。
9.税务机关应将汇总纳税企业总机构、分支机构的税务登记信息、备案信息、总机构出具的分支机构有效证明情况及分支机构审核鉴定情况、企业所得税月(季)度预缴纳税申报表和年度纳税申报表、汇总纳税企业分支机构所得税分配表、财务报表(或年度财务状况和营业收支情况)、企业所得税款人库情况、资产损失情况、税收优惠情况、各分支机构参与企业年度纳税调整情况的说明、税务检查及查补税款分摊和人库情况等信息，定期分省汇总上传至国家税务总局跨地区经营汇总纳税企业管理信息交换平台。
10. 2008年年底之前已成立的汇总纳税企业，2009年起新设立的分支机构，其企业所得税的征管部门应与总机构企业所得税征管部门一致;2009年起新增汇总纳税企业，其分支机构企业所得税的管理部门也应与总机构企业所得税管理部门一致。
11.自2015年1月1日起，取消“收入全额归属中央的企业下属二级及二级以下分支机构名单的备案审核”的后续管理。
收入全额归属中央的企业(简称中央企业)所属二级及二级以下分支机构名单发生变化的，按照以下规定分别向其主管税务机关报送相关资料:
(1)中央企业所属二级分支机构名单发生变化的，中央企业总机构应将调整后情况及分支机构变化情况报送主管税务机关。
(2)中央企业新增二级及以下分支机构的，二级分支机构应将营业执照和总机构出具的其为二级或二级以下分支机构证明文件，在报送企业所得税预缴申报表时，附送其主管税务机关。
新增的三级及以下分支机构，应将营业执照和总机构出具的其为三级或三级以下分支机构证明文件，报送其主管税务机关。
(3)中央企业撤销(注销)二级及以下分支机构的，被撤销分支机构应当按照《税收征管法》规定办理注销手续。二级分支机构应将撤销(注销)二级及以下分支机构情况报送其主管税务机关。
主管税务机关应根据中央企业二级及以下分支机构变更备案情况，及时调整完善税收管理信息。
12.自2015年1月1日起，取消“汇总纳税企业组织结构变更审核”的后续管理。
汇总纳税企业改变组织结构的，总机构和相关二级分支机构应于组织结构改变后30日内，将组织结构变更情况报告主管税务机关。总机构所在省税务局按照《国家税务总局关于印发<跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法>的公告》(国家税务总局公告2012年第57号)第二十九条规定，将汇总纳税企业组织结构变更情况上传至企业所得税汇总纳税信息管理系统。
废止国家税务总局2012年第57号公告第二十四条第三款“汇总纳税企业以后年度改变组织结构的，该分支机构应按国家税务总局2012年第57号公告第二十三条规定报送相关证据，分支机构所在地主管税务机关重新进行审核鉴定”的规定。
13.汇总纳税企业不得核定征收企业所得税。
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